Y la mejor solución para que lleguen siempre compresos, es configurar Gzip en tu servidor web. Claro que comprimir tú mismo tus archivos es una solución si no tienes acceso al servidor, pero nunca está de más verificar como funciona. Un archivo .js compreso con Gzip y previamente minimizado (eliminando comentarios, espacios en blanco y demás) se puede reducir en casi 70%.

Para reducir los HTTP Request mantener los archivos en uno sólo es lo idea. Una práctica relativamente común es tener un script php que retorne el MIME type correcto para CSS, uniendo todos los archivos de una carpeta, verificando su mdate para asignarle alguna cadena (para obtener digamos all.js?20091123) y almacenándolo como archivo estático para no tener que hacerlo una vez más (salvo que el mdate haya variado). Así no tienes que preocuparte de usar una herramienta que pueda presentar tal vez fallos.

Finalmente, sobre el hecho de colocar los archivos js al final, totalmente de acuerdo. Incluso sería más directo y diría que si no lo haces, cometes un error. No es sólo que ponerlos abajo permite que el contenido aparezca antes. Ese es el resultado, sí, pero el problema es como los navegadores realizan los llamados cuando ven la etiqueta script.

Primero que nada, olvídate de tus descargas en paralelo. Apenas lee un script, dejará de hacer otra cosa, por más hosts que hayas configurado o si también hay imágenes pesadas.

Y lo peor, no continuará cargando el resto del contenido hasta que no haya realizado el parsing de tu archivo. Así, si incluso has minimizado el JS y lo tienes en un servidor rápido, si es un código complejo en estructura igual se penalizará.

Siempre es mejor cargarlo de manera indirecta, y si necesitas asociar eventos, realizarlo con un late-binding que frameworks como jQuery manejan muy bien.

Gracias.

El mundo es de todos, y todos somos uno solo.